Η Ιαπωνία θα λάβει αρχικά  συνολικά 42 μαχητικά αεροσκάφη F-35 της έκδοσης Β και υπήρξε συζήτηση για το που θα έπρεπε να τοποθετηθούν τα εν λόγω αεροσκάφη. Σύμφωνα με την Ιαπωνική Αεροπορία, τα αεροσκάφη δε θα ανήκουν αρχικά τουλάχιστον, στο Ιαπωνικό Ναυτικό αλλά στην Αεροπορία και θα τοποθετηθούν στα νησιά Ryukyu, Yaeyana και τα νησιά της Οκινάβα.

Πρόκειται για τα νησιά που αποτελούν ιαπωνικό εθνικό έδαφος στην Ανατολική Σινική Θάλασσα και βρίσκονται βορειοανατολικά της Ταϊβάν.Τα εν λόγω νησιά αποτελούν την πρώτη γραμμή άμυνας ανάμεσα στην Κίνα και τον .. υπόλοιπο Ειρηνικό Ωκεανό αφού οι Κινέζοι θα πρέπει να τα καταλάβουν σε περίπτωση πολέμου, αν όχι την Ταϊβάν, για να εξέλθουν στον Ειρηνικό με αξιώσεις.

Σε άλλη περίπτωση, τα νησιά θα αποτελέσουν βάσεις περιορισμού των Κινέζων στο έδαφός τους. Για το λόγο αυτό οι Ιάπωνες θεωρούν ότι τα μαχητικά F-35 B πρέπει να βρίσκονται σε βάσεις κοντά στο βασικό εχθρό αλλά και κοντά στους χώρους που θα επιχειρήσει ο ιαπωνικός στόλος . Τα F-35 B είναι η έκδοση της κάθετης απο/προσγείωσης και τα μαχητικά θα μπορούν να επιχειρήσουν και από τα αεροπλανοφόρα Izumo και Kaga, τα οποία ήδη υπόκεινται σε εργασίες αναβάθμισης για να μπορέσουν να φιλοξενήσουν τα F-35.

Για την επιχειρησιακή αξιοποίηση των μαχητικών από τα εν λόγω νησιωτικά συμπλέγματα, θα χρειαστεί αν αναβαθμιστούν ήδη υπάρχουσες αεροπορικές βάσεις αλλά και να επενδυθούν χρήματα για μερικές επιπλέον, πράγμα που θα ανεβάσει το συνολικό κόστος του προγράμματος για την ιαπωνική κυβέρνηση, πράγμα που θεωρείται αποδεκτό για τα θετικά που θα αποκομίσουν από την κίνηση αυτή.