Ετσι, επελέγη η μη διατήρηση του ευνοϊκού καθεστώτος της ΕΕ, που επιτρέπει στην Ελλάδα να εφαρμόζει συντελεστές μέχρι 30% χαμηλότερους από τους αντίστοιχους συντελεστές που εφαρμόζονται στην ηπειρωτική Ελλάδα σε συγκεκριμένα γεωγραφικά διαμερίσματα και νησιά.

Στη θέση του μειωμένου ΦΠΑ καθιερώνεται το μεταφορικό ισοδύναμο, το οποίο θα ισχύσει για τα νησιά του Βόρειου και Ανατολικού Αιγαίου, τέσσερα νησιά των Κυκλάδων και τρία του Ιονίου.

Στο πιλοτικό πρόγραμμα που θα ισχύσει από Ιούλιο μέχρι Δεκέμβριο 2018 εντάσσονται:

Αγαθονήσι, Άγιος Ευστράτιος, Άγιος Μηνάς, Αλιμιά, Ανάφη, Αντίψαρα, Αρκιοί, Αρμάθια, Αστυπάλαια, Γυαλί, Δονούσα, Ερεικούσα, Ηρακλειά, Θύμαινα, Ικαρία, Κάλυμνος, Κάρπαθος, Κάσος, Καστελόριζο, Κίναρος, Κουφονήσια, Κως, Λέβιθα, Λειψοί, Λέρος, Λέσβος, Λήμνος, Μαθράκι, Μαράθι, Νίμος, Νίσυρος, Οθωνοί, Οινούσσες, Πάτμος, Σάμος, Σαμοθράκη, Σαρία, Στρογγύλη, Σύμη, Σύρνα, Σχοινούσα, Τέλενδος, Τήλος, Φαρμακονήσι, Φούρνοι, Χάλκη, Χίος, Ψαρά και Ψέριμος.

Η φιλοσοφία του μεταφορικού ισοδύναμου (που αφορά τους νησιώτες και τα εμπορεύματα από και προς τα νησιά), είναι οι κάτοικοι της νησιωτικής Ελλάδας να απολαμβάνουν τιμές σε προϊόντα και μεταφορές ίδιες με τους κατοίκους της ηπειρωτικής χώρας, μέσω της επιδότησης του κόστους.

Εάν για παράδειγμα κάποιος πληρώνει εισιτήριο 20 ευρώ για ένα ταξίδι με λεωφορείο προς μια πόλη της ηπειρωτικής χώρας και ένας νησιώτης για να διανύσει την ίδια απόσταση στη θάλασσα πληρώνει 25 ευρώ, τότε θα παίρνει τα επιπλέον 5 ευρώ που αποτελούν τη διαφορά.

Σύμφωνα με το άρθρο 4 δικαιούχοι του Καταβαλλόμενου Μεταφορικού Κόστους είναι Έλληνες πολίτες και αλλοδαποί που διαμένουν στα νησιά (για τους δεύτερους απαιτείται άδεια διαμονής εν ισχύ). Προσωρινοί αναπληρωτές και ωρομίσθιοι εκπαιδευτικοί, ιατροί υπόχρεοι υπηρεσίας υπαίθρου και ιατρικό προσωπικό και ωφελούμενες επιχειρήσεις που έχουν την έδρα τους στους δήμους εφαρμογής του προγράμματος.