Καταδικάσθηκε σε θάνατο και οδηγήθηκε στον τόπο της εκτέλεσης χαίρων και ευχαριστών τον Κύριο που τον αξίωσε της τιμής του μαρτυρίου. Στην αρχή ο δήμιος χτύπησε τον Άγιο με αντεστραμμένο ξίφος στο λαιμό για να τον εκφοβίσει, προσδοκώντας την μεταστροφή του. Όμως ο γενναίος μάρτυρας τον παρότρυνε με θάρρος λέγοντας «Χτύπα για την πίστη». Και όταν ο δήμιος έβαλε το μαχαίρι του στον τράχηλο του Αγίου και τον πλήγωσε λίγο άκουσε από το στόμα του Αγίου την ίδια φράση «Χτύπα για την πίστη». Τελικά ο δήμιος απέτεμε τη σεπτή κεφαλή του το 1771 μ.Χ., χαρίζοντάς του το αμαράντινο στεφάνι του μαρτυρίου και πλουτίζοντας την Εκκλησία των Αθηνών με ένα καλλίνικο μάρτυρα.

Στην πρώτη κολώνα του Ολυμπίου Διός στην Αθήνα, διακρινόταν το ακόλουθο επιγραφικό χάραγμα: «1771 Ιουλίου 9 απεκεφαλίσθη ο Πακνανάς Μιχάλης».

Το μοναδικό παρεκκλήσιο σ’ όλη την Πρωτεύουσα αφιερωμένο στον Άγιο νεομάρτυρα Μιχαήλ βρίσκεται στον Ιερό Ναό Αναλήψεως Κυρίου Νέου Κόσμου (Λαγουμιτζή και Ντελακρουά), όπου κατά την παράδοση στην περιοχή αυτή βρισκόταν οι κήποι του Αγίου.

Το 2003 ανακηρύχθηκε προστάτης των διαιτολόγων και διατροφολόγων. Προς τιμήν του, ένας από τους κεντρικότερους δρόμος στη συνοικία της Αθήνας «Νέος Κόσμος» φέρει το όνομά του (Οδός Μπακνανά), καθώς και η παρακείμενη στάση του τραμ.

Να σημειώσουμε τέλος, πως μερικοί συναξαριστές, όπως ο Άγιος Νικόδημος ο Αγιορείτης, τοποθετούν το μαρτύριο του Αγίου αυτού στα 1770 μ.Χ.